Perso je lis beaucoup plus de contenus sur mobile que sur pc. Parmi les systèmes cités plus haut, celui que je trouve le plus ergonomique est très largement celui de wikipedia mobile.
Sur PC, le bord du document devrait être réservé aux commentaires des relecteurs selon moi. Pas aux notes de l’auteur. Une note est faite pour inclure des informations périphériques au texte. Dans le cas nominal on ne devrait jamais les voir, ni avoir besoin de les lire pour suivre. Elles ne doivent surtout pas s’insérer dans le texte, sans quoi elles ne changent rien par rapport à une balise secret (qui dit en bien gros "CLIQUE MOI DESSUS").
Perso j’annote énormément mes contenus, et mes notes contiennent des références, des justifications, parfois des vannes et des prises de position (ou des justifications de prises de position implicites…) qui n’ont rien à faire dans le corps du texte car elles n’apportent rien au propos ni à la compréhension du sujet. J’utilise ce procédé pour dépouiller le texte de tout ce qui n’est pas immédiatement indispensable pour le lecteur. Plus le lecteur est débutant et doit faire d’efforts pour suivre le texte, plus les notes devraient être invisibles pour lui.